已經迎來了宇宙開拓時代的人類，組成了為開采在宇宙行星的資源進行支援的戰斗組織[ZAPSPACY]。『超級銀河—大怪獸亂斗』正是以[ZAPSPACY]的宇宙運輸船船員們而展開的故事。他們更改了當初的航行計劃，并駛向了宇宙的邊境行星——波利斯。正是因為來自波利斯的定期聯絡突然被中止。而原因卻不明……不久到達波利斯的4名隊員，等待著他們的卻是波利斯已被荒廢的慘狀。4人正準備調查此事時，面前出現了巨大的身影……那是以前在地球出現過，但是大部分人認定現在已經滅亡了的怪獸！！！就在同一時刻出現了能夠駕馭怪獸的青年——（レイ）零他到底是什么人？想象一下！激烈程度達到頂點的戰斗就要開始了──！